Gli edifici spariscono solo per due motivi: o bug grafico, o vendita.
Nel primo caso, non cambiano i dati della città, nel secondo sì. Quindi, visto che dici che ti sono sparite oltre 7000 unità di popolazione, vuol dire che gli edifici sono stati venduti.
Puoi provare ad aprire un ticket al supporto, non saprei che altro consigliarti.